Prvi ruski car, ki ni bil iz družine Rurik, Boris Godunov, je umrl v starosti 53 let 13. aprila 1605. Njegova smrt je zavita v skrivnosti in do danes se zgodovinarji prepirajo o tem, ali je bila njegova smrt naravna ali nasilna.
Kronični dokumenti kažejo, da je bil Godunov na dan svoje smrti videti zdrav, obedoval z velikim apetitom in se povzpel na stolp, s katerega je rad pregledoval Moskvo. Potem se je počutil slabo od nje. Zdravnik, ki je bil poklican k carju, ni mogel storiti ničesar, car mu je zakrvavel iz ušes in nosu, kmalu je Godunov odšel.
Kot je zapisal eden od predstavnikov angleškega veleposlanika Thomasa Smitha, ki je bil v tistem trenutku na dvoru ruskega avtokrata, je car poleg slabosti in bolečin v želodcu začutil tudi smrt, preden je prišel zdravnik.
Nenadna smrt Borisa Godunova, bolečine v želodcu dajejo razlog za sum, da je bil car zastrupljen. Njegova smrt je bila v prvi vrsti korist privržencev Lažnega Dmitrija I., katerega čete so se takrat približale Moskvi.
Med ljudmi se je tudi govorilo, da je bil car sam zastrupljen v napadu obupa, ki ga je povzročila njegova nepriljubljenost med ljudmi, lakota v državi in zasedba Poljakov.
Poznavanje Borisove narave, njegovega značaja, želje po vrhovni oblasti, za katero je bil pripravljen na vse (obtožen je bil zastrupitve Ivana Groznega, umor careviča Dmitrija, sina Ivana IV.), Kar je dosegel in postal de dejansko vladar Rusije pod Fedorjem Ivanovičem, lahko dvomite v verzijo samomora Godunova. Rusi so bili po njegovem mnenju o carju najverjetneje ravnodušni do avtokrata. Napredovanje Poljakov po vsej državi tudi carja ni moglo prestrašiti, ker so bili v ruski zgodovini še hujši časi, spomnimo se na primer invazije mongolsko-Tatarjev v Rusijo.
Ne smemo pozabiti, da je bil Godunov v zadnjem času pogosto bolan, njegova smrt pa je lahko posledica dolge avtokratske bolezni.
